Фамилия Болоненков в своей основе имеет два возможных корня, и обе версии ведут к разным картинам прошлого. Первая связывает её с географическим названием — озером Болонь в Хабаровском крае. Если эта гипотеза верна, то предок носителя фамилии мог быть выходцем из тех мест, и фамилия указывает не на прозвище, а на место жительства или рождения. Вторая версия, более распространённая в ономастике, отталкивается от прозвища Болоня. В русских говорах слово «болона» имело целый веер значений: от «оболочки» и «головы палицы» до «брюшной части говядины» и даже «приставного зимнего ставня для тепла». Такая многозначность открывает простор для догадок о занятиях предка. Прозвище Болоня мог получить либо человек замкнутый и осторожный (как бы «оболочка», отгораживающая от мира), либо, наоборот, представитель конкретной профессии — воин (палица), мясник (часть туши), строитель или мастер по изготовлению оконных ставней. Суффикс -енков (с вариантом -онков) — типичный для северных и центральных областей России, он означает «маленький», «сын» или «потомок»: Болоненков — буквально «сын Болони». Таким образом, фамилия закрепилась за потомком человека, которого в округе знали по прозвищу Болоня, и со временем стала наследственным родовым именем.