Фамилия Болоненков образована по довольно редкой модели: суффикс -енков указывает на происхождение от прозвища, оканчивающегося на -еня (Болоня → сын Болони → Болоненков). Это ставит её в один ряд с фамилиями вроде Костенков (от Костя) или Афонасенков, но с гораздо более редкой основой.

Сразу две версии объясняют, откуда взялось прозвище Болоня. Первая — географическая: озеро Болонь в Хабаровском крае, один из крупнейших водоёмов Приамурья. Если предок переселился оттуда, его могли прозвать по месту прежнего жительства. Вторая версия — нарицательная, от слова «болона». В старых русских говорах «болона» — это не только «оболочка» или «брюшная часть говядины», но и «приставной зимний ставень, обитый войлоком», и даже «голова палицы». Такое прозвище могло закрепиться за человеком по разным причинам: за мясником или воином (по роду занятий), за плотником, ставившим ставни, либо за нелюдимым, «закрытым» человеком (по аналогии с оболочкой).

Спор между версиями решается в пользу прозвищной, и вот почему. Озеро Болонь находится далеко на востоке, в зоне активного заселения лишь с XIX–XX веков, а фамилии на -енков — типично южнорусские, из регионов бывшей Орловской, Курской, Тульской губерний. Вероятность того, что крестьянин из-под Орла получил фамилию по озеру в Хабаровском крае, крайне мала. Скорее всего, корень «болон-» в фамилии — это местное, диалектное слово, которое бытовало в центральных и южных губерниях.

Таким образом, фамилия Болоненков, скорее всего, закрепилась за потомками человека с прозвищем Болоня. Чем именно предок заслужил такое прозвище — ремеслом, характером или внешностью, — теперь остаётся только гадать, но сама фамилия надёжно сохранила в себе это редкое диалектное слово.