Фамилия Болоненков происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Болоненков восходит к гидрониму Болонь — озеро в России, в Хабаровском крае. Согласно другой гипотезе, фамилия Болоненков образована от прозвища Болоня, основой для которого послужило нарицательное «болона» - «оболочка», «голова палицы», «брюшная часть говядины», «приставной зимний ставень для тепла, иногда обитый войлоком». Вероятно, прозвище либо отражало особенности характера и поведение предка (малообщительный, осторожный, робкий), либо содержало указание на род его деятельности (воин, мясник, строитель, мастер по изготовлению окон). Исходя из этого можно предположить, что предок Болоненковых жил в подобной местности. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Болоня, со временем получил фамилию Болоненков. О точном месте и времени возникновения фамилии Болоненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Болоненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.