Фамилия Болонкины происходит от прозвища Болонка, а само прозвище, скорее всего, связано со старым словом «болона». В древнерусском языке «болона» означала «оболочку», «плёнку», а также «опухоль» или «голову палицы». Такое разнообразие значений оставляет простор для догадок, но самая правдоподобная версия — бытовая: Болонкой могли прозвать человека замкнутого, «оболочкой» отгородившегося от мира, любящего уединение. Либо прозвище прилепилось к больному — по внешнему признаку опухоли.

Есть и другая, не менее интересная линия. В псковских, смоленских и курских говорах «болонка» — это приставной зимний ставень, щит или заслон, которым утепляли окна. Если предок делал такие ставни или торговал ими, прозвище Болонка легко становилось профессиональным именованием. Ремесленные прозвища на Руси — один из главных источников фамилий, и этот вариант выглядит даже весомее, чем отвлечённая «оболочка».

Третий возможный корень — географический. «Болонье» на Руси называли слободу, околицу или низменную луговую равнину у реки. Человек, живший на таком болонье, тоже мог получить прозвище Болонка. Но здесь важно: фамилия Болонкины образована по модели на -ин, а не на -ский. Суффикс -ин в русских фамилиях чаще указывает на принадлежность конкретному лицу («чей сын?» — Болонкин), а не на местность. Поэтому версия с ремеслом или личной чертой характера для этой фамилии правдоподобнее, чем топонимическая.

Форма множественного числа — Болонкины — встречается реже, чем единоличная фамилия Болонкин. В русской традиции так могли записать целую семью или род, особенно в документах переписей, когда спрашивали: «Чьи будете?» — «Болонкины». Это не меняет смысла основы, но говорит о том, что фамилия бытовала в среде, где сохранялся коллективный учёт крестьянских или мещанских дворов.

Точных сведений о первом носителе или регионе появления фамилии нет — процесс формирования шёл несколько столетий, и документальные следы размыты. Но сама фамилия Болонкины держится на живом, конкретном прозвище, которое могло родиться и в лесной деревне, и в ремесленной слободе.