Фамилия Болотникова — женская форма от фамилии Болотников. В основе лежит прозвище Болотник, которое в русских говорах давали жителю болотистой местности или человеку, чьи угодья находились у болота. Такое прозвище было не обидным, а описательным: оно указывало на место жительства или род занятий, ведь болота часто служили источником корма для скота, ягод и дичи.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе прибавили суффикс -ов, означающий принадлежность («чей-то сын»), а затем добавили окончание -а для женского рода. То есть Болотникова — буквально «жена или дочь Болотникова».

Одно из ранних письменных упоминаний — Болотников Леонтий Афанасьевич, записанный в 1473 году в Звенигороде. Это одна из старейших фиксаций фамилии, что говорит о её древности и бытовании в среде служилых людей и крестьян центральной России. К XVII веку фамилия уже широко встречается в переписных книгах, особенно в рязанских и тульских землях, где болотные массивы были обычным ландшафтом.

Интересно, что в отличие от более распространённых «географических» фамилий (Горский, Полевой), Болотников сохранил прямую связь с конкретным типом местности, почти не переходя в дворянский гербовник. Фамилия осталась преимущественно крестьянской и мещанской, что подтверждается поздними ревизскими сказками XIX века.