Фамилия Болотник происходит от нарицательного «болотник». В старину это слово имело несколько значений, каждое из которых могло стать основой для прозвища, а затем и фамилии. По одной из версий, Болотником называли водяного — духа, живущего в омутах и топях. Давая сыну такое мирское имя, родители надеялись, что ребёнок унаследует от мифического хозяина болот силу, здоровье и красоту, а сам водяной будет оберегать мальчика.

Другое, более приземлённое объяснение: Болотник — прозвище человека, жившего у болота или на сырой, низменной земле, где долго не просыхала грязь. Такое прозвание давали по месту жительства — оно указывало на характер местности, а не на занятие. Наконец, слово «болотник» могло означать и птицу-кулика, и охотника за болотной дичью. В этом случае прозвище закреплялось за промысловиком, который бил дичь на болотах.

Какая из версий верна для конкретного рода Болотников, сегодня сказать трудно. Скорее всего, в разных семьях прозвище возникало независимо и по разным причинам. Сама фамилия образована без суффикса — от чистого прозвища, что для русских фамилий встречается реже, чем модели на -ов или -ин. Такая бессуффиксная форма характерна для прозвищ, которые застыли в именительном падеже: Болотник, Сорока, Кузнец. Фамилия не указывает на сословие предка — её могли носить и крестьянин, и охотник, и житель болотистой низины.