Фамилия Болотненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. В XVII–XVIII веках такие фамилии были распространены в казацкой среде на Левобережной Украине, а суффикс -енко изначально указывал на сына или потомка человека: Болотненко — «сын Болотного» или «потомок Болотного». Основа здесь — прилагательное «болотный», связанное с болотом.

Прозвище Болотный могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — место жительства: кто-то жил у болота, на болотистой почве или в селе с таким названием. Второй вариант — род занятий: так могли прозвать человека, который добывал болотную руду (лимонит) для кузнечного дела, собирал клюкву или торф. Третья, менее очевидная версия — внешность или характер: в народе «болотным» иногда называли человека с бледной, «зеленоватой» кожей или медлительного, вязкого в общении.

Фамилия Болотненко редкая и почти не встречается за пределами Украины и юга России. Её отличает от более частых однокоренных фамилий (Болотников, Болотов, Болотный) именно суффикс -енко, который чётко привязывает носителя к украинской антропонимической традиции. В документах XVIII века на Полтавщине и Черниговщине встречаются упоминания казаков с прозвищем Болотный, но фамилия Болотненко, вероятно, оформилась позже — в XIX веке, когда фамилии на -енко стали массово фиксироваться у крестьян после отмены крепостного права.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель -енко описана как «украинская патронимическая», а сама фамилия Болотненко не выделена отдельно — она входит в группу фамилий от географических названий и прозвищ, связанных с рельефом. Никаких знаменитых носителей с такой фамилией в широко доступных источниках нет, что типично для редких локальных фамилий.