Фамилия Боляхина — женская форма, а её мужской вариант Боляхин. В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Боляха. Слово «боляха» в русских говорах имело несколько значений, и разобраться в них — значит понять, кем мог быть ваш предок.

Самое прямое значение — «болячка», «язва», «рана». В этом случае прозвище Боляха мог получить человек, страдавший какой-то заметной кожной болезнью или получивший увечье. Однако в народной среде такие прозвища давали не со зла, а как оберег: считалось, что если назвать ребёнка Боляхой, то хворь от него отстанет, «отойдёт» к имени. Это типичная модель охранительного именования, распространённая в русской деревне.

Но есть и другая, более мирная версия. В некоторых диалектах «боляхой» называли плаксу, нытика, капризного человека. В этом случае прозвище отражало особенность характера — обидчивость или склонность жаловаться на жизнь. Такое прозвище легко закреплялось за ворчливым стариком или вечно недовольным соседом. Обе версии имеют право на существование, и без точного знания местных говоров предков выбрать одну сложно.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей сын?» — Боляхин, то есть сын Боляхи. Такие фамилии в основном закрепились в северных и центральных губерниях России, где активно использовалась именно эта форма. В южных и западных регионах чаще встречался бы вариант Боляхов или Боляк.

В документах фамилия встречается с XVII века, преимущественно в среде крестьян и посадских людей. Например, в переписных книгах Вологодского уезда упоминаются крестьяне Боляхины, что подтверждает её северное происхождение. Фамилия редкая, не дворянская, и её носители, скорее всего, были простыми людьми — крестьянами, ремесленниками или служилыми людьми «по прибору».