Фамилия Бомеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), она явно восходит к прозвищу или иноязычной основе. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -еев. Это вариант более распространённого -ев, который появляется в фамилиях, образованных от основ, оканчивающихся на -ей или -ай (например, Андреев — от Андрей, Тимофеев — от Тимофей). Значит, в основе фамилии Бомеев лежит имя или прозвище Бомей.

Самая вероятная версия связывает Бомея с французским словом «bon» — «хороший, добрый». В XVIII–XIX веках в Россию приезжало много иностранцев, особенно французов-гувернёров, учителей, ремесленников. Прозвище Бомей или фамилию Боме могли дать выходцу из Франции или, реже, человеку, который подражал французским манерам. В русском языке такие прозвища нередко русифицировали, добавляя типичные окончания. Фамилия Бомеев могла означать «сын Бомея» — потомка того самого «доброго» француза.

Существует и более прозаичная, хотя и менее убедительная гипотеза: связь с диалектным словом «бом» или «бомка». В некоторых говорах так называли бочонок, кадку или даже улей. В этом случае прозвище Бомей мог получить бондарь или пчеловод. Однако широкого распространения такое слово не имело, и версия с французским корнем кажется предпочтительнее из-за необычного звучания основы, нехарактерного для исконно русских прозвищ.

Фамилия Бомеев не принадлежит к числу дворянских или широко известных. В дореволюционных справочниках и метрических книгах она встречается эпизодически, чаще всего в центральных губерниях и в Поволжье, куда в разное время переселялись иностранные специалисты. Носители этой фамилии, скорее всего, были выходцами из мещанского или купеческого сословия — потомками тех, кто получил прозвище от предка-иностранца. Сегодня Бомеевы — большая редкость, что делает фамилию своеобразным маркером: её обладатель почти наверняка является потомком одного из немногих родов, сумевших сохранить эту память о своём необычном корне.