Фамилия Бомейко звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: перед нами характерный пример фамилии, сформированной на стыке белорусской и украинской ономастических традиций. Суффикс -ейко (варианты -айко, -ойко) — один из типичных уменьшительно-ласкательных суффиксов в этих языках. Он присоединялся к основе личного имени или прозвища, образуя производную форму: Бомейко — это буквально «маленький Бомей» или «сын Бомея».

Корень «Бом-» вызывает больше всего вопросов. Самая вероятная версия — он восходит к западнославянскому или балтскому антропониму, звучавшему как «Бом» или «Бома». В белорусских и украинских говорах могло существовать прозвище Бомей, образованное от глагола «бомкаць» (стучать, греметь) или от междометия «бом!», которым имитировали звон колокола или сильный удар. Такое прозвище мог получить шумный, громогласный человек или, наоборот, звонарь.

Менее вероятна, но возможна связь с немецкой фамилией Böhme (Бёме), которая в польском произношении могла превратиться в Бомей, а затем обрести местный суффикс. Однако для этого носитель должен был пройти через Польшу или Литву, где фамилии активно адаптировали под славянскую морфологию.

Географически фамилия Бомейко в основном встречается в западных областях Беларуси (Гродненская, Брестская) и на востоке Польши, в Подляшье. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или мещанами из этих регионов. Дворянских корней у фамилии не прослеживается — суффикс -ейко характерен для простонародных, патронимических фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, Бомейко не склоняется по падежам как типичная русская фамилия. Это ещё один маркер её западнорусского происхождения. В исторических документах фамилия могла записываться по-разному: Бомейко, Бомайко, Бомэйко, в зависимости от диалекта писаря.