Фамилия Бодейко — типичный пример украинской или белорусской модели фамилии на -ко. Суффикс -к- в сочетании с окончанием -о в восточнославянской ономастике указывает на уменьшительно-ласкательную форму, которая со временем закрепилась как родовое имя. В украинской традиции такие фамилии (Коваленко, Шевченко, Бойко) могли означать «сын такого-то» или просто «маленький, младший». Основа Бодей- родственна прозвищу Бодай или Бодей.

Корень здесь — бод-, который в славянских языках имеет несколько значений. Самое прямое — от глагола «бодать» (колоть рогами, толкать). Прозвище Бодай могли дать человеку с упрямым, «бодучим» характером или тому, кто работал с быками и волами. В южнорусских и украинских говорах «бодай» — также бранное или экспрессивное междометие («чтоб тебя!»), но в основе фамилии скорее лежит конкретное прозвище, а не восклицание.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Богдан через сокращение Бодя. В таком случае Бодейко — это «маленький Богдан» или сын Богдана. Однако форма Бодей (с окончанием -ей) характерна именно для прозвищного, а не для канонического имени, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается преимущественно на западе Украины и в южных районах Беларуси. В России она редка и часто фиксируется у потомков переселенцев из этих регионов. Исторически Бодейко — это фамилия крестьянская или казацкая, без дворянских корней. В реестрах запорожского казачества XVII–XVIII веков встречаются похожие прозвища, но конкретных упоминаний Бодейко в ранних документах мало — фамилия не относится к числу древних аристократических родов.

Что отличает эту фамилию от многих других на -ко — отсутствие очевидной профессиональной основы. Если Шевченко — сын шевца (сапожника), а Коваленко — сын кузнеца, то Бодейко отсылает не к ремеслу, а к личной черте или поведению. Это делает её более «прозвищной» по происхождению: предок получил кличку за характер, а не за работу.