Фамилия Бодеев — редкий случай, когда основа, казалось бы, ясна, но происхождение может быть двойным. В центре спора — слово «бодя» или «бодея». Первая и самая вероятная версия: в основе лежит диалектное «бодя» — так в некоторых русских говорах называли бродягу, шатуна, а также нерадивого, ленивого человека. В этом случае прозвище Бодея получал человек, склонный к праздному образу жизни. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Бодеев — сын Бодеи, то есть «из рода того, кого звали Бодея».

Вторая версия отсылает к глаголу «бодать» — бодливый, драчливый человек. Но здесь есть лингвистическая тонкость: от «бодать» естественнее было бы образовать фамилию Бодаев или Бодяев (через «а» или «я»). Форма Бодеев с ударным вторым слогом скорее указывает на имя или прозвище Бодея, а не на прямое действие. Поэтому версия с «бодя»-«бродяга» выглядит убедительнее.

Встречается фамилия в основном в южных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Это говорит о том, что корень мог закрепиться в донских и кубанских говорах, где слово «бодя» бытовало как прозвище. В отличие от распространённых фамилий на -ов, Бодеев не имеет связи с церковными именами — это чисто бытовое, мирское прозвище, которое закрепилось за родом.

Если посмотреть на однокоренные фамилии (Бодягин, Бодяев, Бодягин), Бодеев стоит особняком именно из-за гласной «е» в корне. Такая форма могла возникнуть из-за местного аканья или, наоборот, как попытка «облагородить» прозвище при записи в документы. Фамилия редкая, в списках известных носителей не числится, но для её обладателей это скорее плюс: она не заезжена, не стерта частым употреблением и хранит память о конкретном человеке — возможно, не самом усидчивом, но точно запоминавшемся.