Фамилия Боденеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев, который превращает отчество в фамилию: формально здесь -еев, но это не суффикс, а часть основы. Фамилия образована по модели «основа на -ей + -ев»: Боденей → Боденеев. То есть в основе лежало личное имя или прозвище Боденей.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть основа «боден» (варианты: бөден, бодун) со значением «перепел» или, в переносном смысле, «коренастый, приземистый человек». Суффикс -ей мог быть русским адаптирующим окончанием, как в фамилиях Алей, Мамлей. Тогда Боденей — это человек, напоминавший перепела либо по внешности, либо по повадкам. Фамилия могла закрепиться в среде служилых татар или крещёных инородцев, что типично для фамилий с такой морфологией.

Вторая версия, менее надёжная, — связь с диалектным русским словом «боденя» (устар. «толстяк», «увалень»). Но это слово почти не фиксируется в говорах, и фамилия с таким корнем встречалась бы чаще. Тюркская гипотеза выглядит правдоподобнее, особенно если учесть, что фамилия Боденеев встречается в Поволжье и на Урале — регионах активного русско-тюркского контакта.

В написании фамилии обращает на себя внимание двойная «е» — Боденеев, а не Боденев. Это не ошибка: так сохраняется исходная форма прозвища Боденей. В старых документах могли писать и через «я» — Боденяев, но современный вариант закрепился с «е» под влиянием книжного произношения.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается: в дореволюционных списках Боденеевы встречаются и среди крестьян, и среди мещан. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги.