Фамилия Боденков образована от прозвища или имени Боденко — уменьшительной формы с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской традиции указывал на сына или молодого человека (буквально «маленький Бодя»). Сама основа Бод- восходит к древнерусскому глаголу «бодать» — колоть, толкать рогами. Прозвище Бодень, Бодя могли дать человеку с упрямым, настырным характером или тому, кто работал с рогатым скотом — пастуху, бодливому быку. В северных и центральных говорах «бодень» также означало колючку, репей, что могло перейти в прозвище цепкого, приставучего человека.

Суффикс -ов в фамилии Боденков — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Боденка». Модель «основа на -енко + -ов» встречается реже, чем чистое -енко или -ов, и часто фиксируется на стыке украинского и великорусского влияния — в Слобожанщине, на южных окраинах Московского государства, в казачьих областях. Если бы фамилия осталась в украинской среде, она звучала бы как Боденко; добавление -ов «обрусело» её, закрепив за родом, перешедшим в великорусскую сословную систему.

Анализ по базам данных (например, по переписям XIX века) показывает, что Боденковы встречаются в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — регионах, где смешивались украинские и русские говоры. Встречается и вариант Бодянков, где основа Бодян — та же, но с другим суффиксом (-ян). Спор о происхождении корня от «бодать» или от календарного имени (например, Воден — от Водяной) решается в пользу первого: имя Воден не зафиксировано в святцах, а глагольная основа прозрачна и типична для прозвищ.

Таким образом, предок носителя фамилии Боденков — скорее всего, человек с прозвищем Боденко, живший в южнорусском пограничье, возможно, пастух или крестьянин с крутым нравом. Фамилия недворянская, не книжная — она из народной ономастики, где прозвища давали по поведению или занятию.