Фамилия Боденцов — редкий пример, где географическое прозвище «приросло» к человеку через суффикс -ов, но с неожиданным поворотом. Корень здесь — не имя и не ремесло, а топоним Боден, который может указывать на немецкое озеро Боденское (Bodensee) в предгорьях Альп. Однако для русской фамилии такая прямая привязка к европейскому озеру маловероятна: скорее, Боден — это название деревни или хутора в центральной России, например, в бывшей Тверской или Смоленской губернии, где селения с похожими названиями (Боденка, Боднево) встречаются.

Суффикс -цов — редкая модификация стандартного -ов. В русской антропонимике фамилии на -цов обычно образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -ц: например, Кузнецов (от кузнец), Стрельцов (от стрелец). В случае Боденцов основа Боден — твёрдая, поэтому по правилам следовало бы ожидать Боденов. Вероятно, промежуточным звеном стало прозвище Боденец — так могли называть выходца из местности Боден. Тогда фамилия Боденцов буквально означает «сын Боденца», то есть потомок человека, переселившегося из того самого Бодена.

Вторая версия, более прозаичная, связывает фамилию с диалектным глаголом «бодать» или существительным «бодень» — так в некоторых говорах называли упрямого, настырного человека или того, кто «бодается» в споре. Суффикс -ец в прозвище Боденец дал бы тот же результат, но тогда фамилия звучала бы как Боденцев (с мягким -ц-), а не Боденцов. Встречающееся написание через «цо» (а не «це») указывает на южнорусское или украинское произношение, где цокали и путали твёрдый и мягкий звук.

В архивных записях фамилия почти не встречается — это говорит о её локальном бытовании, возможно, в среде однодворцев или крестьян южных уездов. Носителей Боденцовых можно искать в Курской, Воронежской или бывшей Харьковской губернии, где фамилии с таким окончанием (Коротенцов, Репенцов) не редкость. Социальный статус предков — скорее всего, вольные хлебопашцы или служилые люди «по прибору», которые получили фамилию по месту прежнего жительства.