Фамилия Бонекат — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение приходится выводить не из славянских корней, а из западноевропейских языков. Скорее всего, перед нами немецкая или голландская фамилия, которая попала в Россию вместе с переселенцами или специалистами, приглашёнными на службу в XVIII–XIX веках. В основе лежит сложное слово: корень «бон» (от немецкого «Bohne» — боб, или от «Bonn» как топонима) и «кат» (от «Katze» — кошка, либо от «Katt» — диалектное название кота). Дословно «бобовая кошка» звучит странно, но такие прозвища в немецких диалектах могли давать человеку за особую примету: например, за рыжий цвет волос (ассоциация с рыжим котом) или за привычку ворчать (как «боб» в значении пустяка). Вторая версия — фамилия могла образоваться от названия населённого пункта Боннекат (Bonnekat) в Нидерландах или Германии, где жил предок.

Суффиксальная модель здесь не славянская: окончание «-ат» характерно для немецких фамилий, указывающих на происхождение или прозвище (ср. «Бонрат», «Бонгардт»). В русской среде фамилия сохранила исходное написание без русификации — ни суффикса -ов, ни окончания -ин не добавили, что говорит о позднем появлении носителей в России, скорее всего в городской среде. По данным переписей, фамилия Бонекат встречается в единичных случаях в Санкт-Петербурге и в Поволжье, где в XIX веке существовали немецкие колонии.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию записывали как «Боннекат» с двойной «н», что подтверждает её немецкое написание. Если ваш предок носил эту фамилию, он мог быть ремесленником, аптекарем или мелким чиновником из числа обрусевших немцев. Спор о корне здесь невелик: версия с «кошкой» и «бобом» — самая распространённая в западных ономастических справочниках, а попытки связать её с тюркскими или финскими языками выглядят натянутыми из-за отсутствия параллелей.