Фамилия Бонопат звучит как прямой отголосок знаменитой французской фамилии Бонапарт, но в русской записи она лишилась конечного «рт» и пишется на слух. Самое очевидное объяснение — это русифицированная форма фамилии Наполеона Бонапарта, которую могли дать в качестве прозвища или уличного имени. В XIX веке, особенно после войны 1812 года, образ французского императора был настолько популярен в народе, что крестьяне и мещане нередко получали прозвище Бонапарт (или Бонопат) за хвастливость, властность, маленький рост или просто за громкую фамилию, которая запоминалась.

Однако есть и более прозаичная версия. В русских говорах слово «бонопат» могло возникнуть как искажение от «бонопарт» — так в некоторых регионах называли вид нехитрой еды, сладкое печенье или лакомство. В этом случае прозвище могло закрепиться за кондитером, торговцем сладостями или просто за человеком, который любил хорошо поесть.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ без дополнительных суффиксов (форма на согласную). Фамилия Бонопат — это «застывшее» прозвище, которое не менялось при передаче детям, что характерно для поздних фамилий крестьян или однодворцев юга России. Встречается она преимущественно в центральных и южных областях, где влияние французского языка и народная память о наполеоновских войнах были особенно сильны.

С точки зрения ономастики, это редкий случай, когда фамилия не прошла обычную обработку суффиксами (-ов, -ин), а осталась в исходной форме прозвища. Такие фамилии часто называют «архаичными» или «прозвищными», и они указывают на то, что носитель или его предок не был приписан к помещику с официальной метрикой, а получил фамилию по уличному прозвищу уже после отмены крепостного права.