Фамилия Бонтар — скорее всего, фонетический вариант более распространённой фамилии Бондар. Разница в окончании могла возникнуть из-за особенностей местного говора или при записи фамилии в документах: звук «р» на конце иногда переходил в твёрдое «р» или озвончался, а безударное «а» могло читаться и писаться по-разному. В любом случае, корень здесь один и тот же.

В основе лежит название ремесла. Бондарем (или бондаром) на Руси называли мастера, который делал бочки, кадки, ушаты и другую обручную посуду — то, что скрепляли металлическими или деревянными обручами. Это была важная и уважаемая профессия: без бочек не обходились ни в крестьянском хозяйстве (для солений, квашений, хранения зерна), ни в винокурении, ни в перевозке товаров. Поэтому профессиональные прозвища вроде Бондар встречались часто и легко закреплялись в качестве фамилий.

Таким образом, прозвище Бондар относилось к так называемым «профессиональным именованиям» — оно прямо указывало на род занятий человека. Основатель рода Бонтар (или его ближайший предок) был мастером-бочаром. Со временем прозвище перешло в фамилию, а написание Бонтар могло закрепиться в конкретной семье или регионе как местный вариант произношения.

Интересно, что фамилия Бонтар встречается гораздо реже, чем Бондар или Бондарев. Это говорит о том, что она сохранилась в довольно узком кругу семей, возможно, в южных или западных областях России, где акающие говоры особенно сильны, или в среде украинского и белорусского населения, где фамилии без суффиксов (-ов, -ев) — обычное дело. В отличие от «кабинетной» фамилии Бондарев (то есть «сын Бондаря»), форма Бонтар (как и Бондар) — это прямое прозвище, которое не успело обрасти патронимическим суффиксом.