Фамилия Бонцю — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, а её основа и окончание выдают нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, застывшая в форме, типичной для западноукраинских говоров.

Ключ к разгадке — окончание -ю. В украинском языке суффикс -юк, -юк (а в безударной позиции — -ю) образует фамилии от личных имён, прозвищ или названий профессий: Ивасюк, Макарюк, Ковалюк. Бонцю, вероятно, — вариант фамилии Бонцюк, где конечный согласный редуцировался, или же форма звательного падежа, закрепившаяся в быту. Основа Бонц- восходит к имени Бонцо — народной форме католического имени Бонифатий (от лат. bonum fatum — «благая судьба»). В украинских и польских землях Бонифатий в просторечии превращался в Бонця, Бонцо, отсюда и фамилия.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с немецкой фамилией Bonz (Бонц). Немецкое слово Bonze (от японского «бонза» — буддийский монах) в XVIII–XIX веках иронично использовалось для обозначения важного, напыщенного чиновника. Переселенцы-немцы могли принести эту фамилию на юг России или в Крым, где она адаптировалась в украинской среде, получив окончание -ю.

Географически фамилия Бонцю встречается в единичных записях на западе Украины и в смежных районах Беларуси. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: ни дворянских родов, ни известных исторических личностей с таким именованием не зафиксировано. Предки носителя фамилии, вероятно, были простыми людьми, которых в документах записали по отцу или деду — Бонцю, то есть «сын Бонца» или «маленький Бонц».