Фамилия Бонцой — редкая и неочевидная с первого взгляда. Если отбросить предположения о случайном написании, её происхождение, скорее всего, связано с молдавским или румынским языковым влиянием. В основе лежит слово «bonţ» — так в некоторых регионах Молдовы и Румынии называли шишку, нарост на дереве, а в переносном смысле — крепкого, коренастого человека. Суффикс «-ой» в этой модели — не уменьшительно-ласкательный, а скорее указательный, как в фамилиях Балтой или Барбой: он мог означать «обладающий признаком» или просто закрепиться в качестве фамильного окончания под влиянием местных говоров.

Таким образом, исходное прозвище Бонцой могли дать либо человеку с заметной физической особенностью (например, шишкой на голове), либо, что вероятнее, крепкому, приземистому мужчине, которого сравнивали с твёрдым наростом на дереве. В отличие от распространённых славянских моделей вроде «Иваненко» (буквально «сын Ивана»), фамилия Бонцой образована напрямую от прозвища, а не от имени отца. Это указывает на то, что предок носителя фамилии получил своё прозвание по личному качеству или внешности, а не по родству.

Географически фамилия тяготеет к зоне контакта восточнороманских и славянских языков — Молдове, Буковине, Одесской области Украины. В русской среде она почти не встречается, что подтверждает её региональное происхождение. Фамилия не документирована в классических дореволюционных справочниках, поэтому её история — устная, передававшаяся в семьях, а не через дворянские родословные.