Фамилия Боняк звучит редко и бросается в глаза своей нестандартной для русского уха основой. Сразу заметна её восточная, степная окраска: она не выводится из привычных славянских корней вроде «боня» или «бонька», а прямо отсылает к тюркскому миру. Самая надёжная версия — происхождение от имени половецкого хана Боняка, известного по русским летописям начала XII века. Этот кочевой предводитель совершал опустошительные набеги на Киевскую Русь, и его имя (в тюркских языках оно, вероятно, значило «сильный», «могучий» или было связано с титулом) прочно закрепилось в исторической памяти. Фамилия могла возникнуть как прозвище, данное человеку крутого, «половецкого» нрава, или же как напоминание о далёком предке, которого в народе прозвали Боняком за сходство с грозным ханом.

Модель образования проста: основа Боняк- плюс нулевой суффикс. Это так называемая «неоформленная» фамилия, характерная для украинской и южнорусской традиции, где прозвище перешло в фамилию без добавления -ов, -ев или -ин. Встречаются такие фамилии и у поляков (Боняк, Боньчак). Географически она привязана к югу России, Украине и Белоруссии — местам, где исторически кочевали половцы и где память о них сохранялась в фольклоре. В русских землях севернее, под влиянием московской делопроизводной нормы, от того же прозвища скорее образовали бы фамилию Боняков.

Стоит упомянуть и менее вероятную, но возможную версию: связь с диалектным глаголом «бонякать» (стучать, бренчать, издавать глухой звук) или с «боня» — так в некоторых говорах называли колокол или било. В этом случае Боняк — прозвище звонаря или человека с громким голосом. Однако исторический вес хана Боняка и частота тюркских следов в южнорусских фамилиях делают первую версию основной.

Таким образом, носитель фамилии Боняк с высокой долей вероятности ведёт род из украинских или южнорусских степных областей, а его дальний предок получил прозвище либо по сходству с легендарным половецким воителем, либо, реже, по ремеслу или особенности поведения. Фамилия недвусмысленно указывает на смешение славянской и тюркской культур в пограничье.