Фамилия Бонякова — женская форма фамилии Боняков, и её происхождение упирается в прозвище или имя Боняк. В древнерусском языке слово «боняк» могло означать «боня» — «говорун, болтун» или «крикун» (от глагола «бонять» — говорить, болтать). Но есть и другая, более редкая версия: в южнорусских говорах «боняк» называли человека с большим носом или с какой-то заметной чертой лица. Вероятнее всего, основа фамилии — именно прозвище, данное за словоохотливость или излишнюю болтливость.

Суффикс -ов в мужской форме указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности: «чей?» — Боняков, то есть сын или потомок Боняка. Женская форма Бонякова образовалась по тому же принципу. Фамилия не относится к дворянским или именитым — скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди, у которых прозвища часто приживались как родовые имена.

Интересно, что в украинской ономастике встречается фамилия Боняк без суффикса — она тоже могла дать начало русскому варианту через адаптацию. Но в русском контексте Боняковы — это не слишком распространённая фамилия, и встречается она чаще в центральных и южных областях России, где были сильны говоры с «бонять».

Если копать глубже, то в древности было тюркское имя Боняк (от «бон» — сильный, могучий) — его носил, например, половецкий хан Боняк, упомянутый в русских летописях. Но связывать с ним фамилию напрямую рискованно: слишком большой временной разрыв, и прозвищная модель в русской среде объясняет происхождение куда проще.