Фамилия Бенякова хранит в основе имя Беня — народную форму крестильного имени Вениамин. В русской традиции Вениамин, восходящее к древнееврейскому «сын правой руки» (то есть любимый сын), часто сокращалось до Бени или Бениамина, а в просторечии давало варианты Беня и Бенюк. Суффикс -ов в женской форме Бенякова указывает на принадлежность: буквально «дочь или жена Бени». Мужской вариант — Беняков.

Интересно, что в некоторых говорах Беней могли называть и человека с заметной родинкой или бородавкой (от диалектного «бень» — нарост). Но эта версия менее вероятна: географическое распространение фамилии Беняков (и Бенякова) в основном совпадает с зонами, где имя Вениамин было популярно в XIX веке — центральные губернии России и Поволжье. Встречается фамилия и у белорусов, где Беня могло быть самостоятельным прозвищем от слова «беня» (глуповатый, простоватый человек) — но это уже локальная особенность.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий второй половины XIX века: основа на -я (Беня) плюс патронимический суффикс -ов. Такая форма закрепилась за потомками человека, которого в документах записали просто Беней — либо по имени, либо по прозвищу. В отличие от фамилий на -ин (Бенин), указывающих на прямое родство с матерью, Беняков/Бенякова однозначно отсылает к отцу или главе семьи.

Среди известных носителей фамилии — люди разных сословий: от крестьян Тверской губернии до мещан из Саратова. Встречается она и в среде старообрядцев, где имя Вениамин было особенно чтимым. Если ваши предки носили фамилию Бенякова, скорее всего, родоначальника звали Вениамином, а в быту — Беней.