Фамилия Беняковкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя или ремесло, а, скорее всего, прозвище, причём с двойной «географической» подкладкой. Если разобрать её по косточкам, сразу бросается необычный суффиксальный ряд: -яков- + -к- + -ин. Такая тройная накрутка встречается нечасто и указывает на то, что фамилия формировалась не в один приём.

Самый прямой путь к разгадке — через топоним Беняки. Такие названия есть в Беларуси (например, деревня в Витебской области) и на западе России. Человека, выходца из Беняков, могли прозвать Беняк или Беняков, а его сына, внука или просто мелкого человека — уже Беняковкой. Суффикс -к- в русских фамилиях часто добавлялся, чтобы указать на младшего родственника или человека низкого сословия (ср. Иванов — Ивановкин, т.е. сын Иванова). Финальный -ин стандартно означает «чей?» — то есть Беняковкин буквально: «сын Беняковки» или «человек из семьи Беняковых».

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая логики. В южнорусских и украинских говорах «беня» или «беняк» могло быть диалектным словом, связанным с чем-то неуклюжим или медлительным (ср. польское beknąć — «блеять» или просто междометие, имитирующее блеяние). Тогда прозвище Беняк дали бы нерасторопному или говорливому человеку, а Беняковкин — его потомку. Однако в пользу первой, топонимической версии говорит чёткая структура: фамилия явно «местная», а не прозвищная, потому что в прозвищных фамилиях редко наращивают лишние суффиксы без надобности.

По сословной принадлежности Беняковкины, скорее всего, крестьяне или однодворцы. Суффикс -к- в фамилиях дворянства практически не встречается — он снижал статус. В документах XIX века эта фамилия изредка попадается в Тамбовской и Пензенской губерниях, что косвенно подтверждает миграцию выходцев с запада (из белорусских Беняков) в чернозёмные области.

Написание фамилии устойчиво: с буквой «я» в корне и двойным суффиксом. Вариант «Беняковин» (с одной «к») — результат описки или упрощения при записи, но исторически правильная форма именно с «к». В отличие от более частых Беняковых, Беняковкины — фамилия штучная, и встретить её можно скорее в сельских метрических книгах, чем в городских справочниках.