Фамилия Бонычев — редкий случай, где основа, на первый взгляд, очевидна, но при ближайшем рассмотрении ставит в тупик. Притяжательный суффикс -ев указывает на происхождение от личного имени или прозвища Боныч. Вопрос в том, что это за имя.

Самая прямая версия — связь с латинским словом bonus («добрый, хороший»). В русской традиции это могло быть семинарское прозвище, которое давали ученикам духовных училищ. Такие «переводные» фамилии (Благой, Добров, Бонавентура) были распространены в среде духовенства в XVIII–XIX веках. Бонычев мог означать «сын того, кого называли Бонычем», то есть «Добряком». Однако эта версия не единственная.

Сложность в том, что в русских говорах слово «боня» или «бонька» имело конкретное значение — ласковое обращение к корове или тёлка. В диалектах Орловской, Тульской, Рязанской областей «боней» называли скотину, а прозвище Боня мог получить пастух, скотник или человек с грубоватым, «коровьим» нравом. Суффикс -ыч в таком случае превращал бытовое прозвище в отчество: Боныч — сын Бони. Фамилия Бонычев, таким образом, могла закрепиться за потомками пастуха.

Есть и менее вероятная, но любопытная версия — через тюркские языки, где корень «бон» означал «богатство, имущество». В таком случае прозвище Боныч могло принадлежать зажиточному крестьянину или купцу, но эта гипотеза не подтверждается географией фамилии: основные носители Бонычевых традиционно живут в центральных русских областях, а не в регионах активных тюркских контактов.

По сословной принадлежности фамилия, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Встречается она редко, что делает её ценной для семейной истории: каждая ветвь Бонычевых, вероятно, восходит к одному конкретному предку, получившему прозвище в конкретной местности. Без генеалогического поиска сказать точнее сложно, но диалектная версия — с пастухом и коровой — выглядит самой бытовой и правдоподобной для русской деревни.