Фамилия Боргено — редкая и нестандартная для русского уха, что сразу наводит на мысль о нерусском происхождении. Скорее всего, перед нами фамилия, занесённая в Россию из Западной Европы, и её разбор требует иной логики, чем привычная модель «отчество + суффикс».

Наиболее вероятная версия — итальянские или французские корни. В итальянском языке основа «Borgo» означает «деревня», «посёлок» или «предместье». Суффикс «-ено» мог возникнуть как адаптация итальянского окончания «-eno» (указывающего на принадлежность или происхождение). Таким образом, Боргено — это «житель деревни» или «выходец из Борго» (распространённый топоним в Италии). В русской среде фамилию могли записать на слух, сохранив ударение на первом или втором слоге.

Вторая гипотеза, менее вероятная, но возможная — немецкое происхождение от фамилии Borgener, где корень «Borg» связан с замком или крепостью (нем. Burg). При переселении в Россию окончание могло обрубеть или измениться под влиянием местных говоров. Однако звучание «-ено» скорее характерно для романских языков, чем для германских.

Третий, совсем редкий вариант — искусственное происхождение. В XIX веке в Российской империи иногда давали «благозвучные» фамилии воспитанникам духовных семинарий или детям, оставшимся без родителей. Боргено могло быть составлено по аналогии с западными фамилиями, чтобы придать носителю «европейский» статус. Но такая практика встречалась реже, чем естественное заимствование.

Географически носители фамилии Боргено в России крайне немногочисленны. Если и встречаются, то чаще в крупных городах или в регионах, где исторически селились иностранные специалисты (Санкт-Петербург, Поволжье). Сословной привязки нет: это могли быть и обрусевшие итальянские архитекторы, и французские гувернёры, и купцы из немецких колоний.

Ударение в фамилии не закреплено строго: в русском языке чаще говорят Бо́ргено (с ударением на первый слог), но в среде потомков западных переселенцев могло сохраниться исходное ударение на второй слог — Борге́но. Однокоренных русских фамилий у Боргено нет, но можно провести параллель с более известной фамилией Борджиа (итал. Borgia), где корень тот же — «borgo».