Фамилия Борканин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её структура сразу выдаёт модель образования: суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или главе семьи («чей?»). То есть в основе лежит прозвище или неканоническое имя Боркана, а Борканин — «сын Борканы» или «человек из семьи Борканы».

С корнем сложнее. Наиболее вероятная версия ведёт к слову «боркан» — в некоторых русских говорах так называли морковь (от финно-угорского «porkkana», заимствованного через карельский язык). В этом случае Боркана — прозвище огородника, торговца морковью или человека с рыжеватыми волосами, под цвет корнеплода. Версия правдоподобна, потому что фамилии на -ин от названий овощей встречаются у крестьян (сравните Репнин, Капустин, Свёклин).

Менее распространённое объяснение — от имени Боркан, которое могло быть вариантом Борис (через уменьшительную форму Борка) с наращением -ан. Но тогда ожидалась бы форма Борканин от Боркан, а не от Бориса напрямую. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России и Поволжью — именно там сильны финно-угорские заимствования в лексике. Встречаются единичные носители в Татарстане и Кировской области, что косвенно подтверждает «овощную» версию: в этих краях морковь называли борканом ещё в XIX веке.

Фамилия не получила широкого распространения и не попала в дворянские родословные книги. Её носители — скорее всего, потомки государственных или помещичьих крестьян, получивших прозвище по занятию или внешности. В современном русском языке слово «боркан» почти вышло из обихода, поэтому фамилия звучит загадочно, хотя её разгадка лежит на грядке.