Фамилия Борнусов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит неканоническое имя или прозвище Борнус, которое, в свою очередь, могло быть образовано от двух разных корней. Первый и самый очевидный — диалектное слово «борнус», которое в некоторых русских говорах означало «ворчун», «брюзга» или «недовольный человек». В этом случае фамилия давалась человеку с соответствующим характером и пополняет ряд «характерологических» прозвищ вроде Ворчунов или Брюзгиных.

Вторая версия ведет к тюркским языкам, где слово «борнус» или близкое к нему могло означать «нос» (от «burun»). В таком случае прозвище Борнус мог получить человек с заметным, крупным или необычной формы носом. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии с корнем «бурн-» встречаются у народов Поволжья, а сама фамилия Борнусов могла возникнуть на стыке русских и тюркских земель, например, в районах бывшего Казанского ханства или среди казачества.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Борнусов — сын Борнуса. Фамилия могла принадлежать как крестьянину, так и служилому человеку, но из-за своей редкости она вряд ли была распространена в высших слоях общества. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, а также среди казачества, что косвенно подтверждает версию о тюркском влиянии или бытовании прозвища в вольных сообществах. Сравните с фамилией Бурнашев, имеющей схожую модель и тюркские корни.