Фамилия Боронникова происходит от прозвища Боронник. В русских говорах боронником называли дрязг, сорную траву и коренья, которые наматываются на зубья бороны во время вспашки. Прозвище могли дать человеку неряшливому, неаккуратному в работе — или, наоборот, тому, кто постоянно возился с бороной, чистил её после пахоты. Такое прозвище закреплялось за крестьянином, чья работа была тесно связана с земледелием.

Модель образования типичная для русских фамилий: основа «Боронник» плюс суффикс принадлежности -ов. Суффикс указывает на прямое родство: Боронников — сын Боронника. Женская форма Боронникова возникла позже, когда фамилии стали передаваться по мужской линии и склоняться по родам.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, где пашенное земледелие было основой хозяйства. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков могли записать крестьянина по прозвищу Боронник, а его детей уже как Боронниковых. Других версий происхождения, связанных, например, с личным именем или географическим названием, для этой фамилии нет — корень однозначно указывает на сельскохозяйственное орудие и его работу.