Фамилия Боронников образована от прозвища Боронник. Слово «боронник» в русских говорах означало дрязг, сорную траву и коренья, которые наматываются на зубья бороны во время вспашки. Прозвище могли дать либо крестьянину, который часто возился с очисткой бороны, либо человеку нерадивому — так могли назвать того, кто оставлял на поле комья с травой, не убирал их. Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «боронником» называли мастера, который делал бороны, но это значение встречается реже.

Сама фамилия строится по простой и распространённой модели: основа «Боронник» плюс типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Такая модель указывает на то, что фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках: Боронников — буквально «сын Боронника» или «из семьи Боронника». Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где пашенное земледелие было основным занятием, а слово «боронник» в значении «сор и коренья с бороны» хорошо известно по диалектным словарям.

В отличие от фамилий на «-ский», которые часто носили дворяне и духовенство, Боронниковы — однозначно крестьянский род. Фамилия не имеет отношения к слову «борона» в прямом смысле, хотя внешне это сходство обманчиво. Интересно, что в старых писцовых книгах встречается и форма «Бороников» (с одной «н»), но написание с двойной «н» закрепилось как нормативное — оно точнее передаёт исходное прозвище.