Фамилия Бороненко образована по распространённой модели украинских и белорусских фамилий с суффиксом -енко, который означает «сын», «потомок» или «маленький». В основе лежит прозвище Борона. Слово «борона» — сельскохозяйственное орудие для рыхления вспаханной земли. Прозвище давали либо крестьянину-земледельцу, который постоянно работал с бороной, либо мастеру, который её изготавливал.

Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. В XVI–XVII веках он активно вытеснял более ранние патронимические формы, закрепляясь в качестве наследственного фамильного показателя. Бороненко, таким образом, буквально означает «потомок Бороны» или «маленький Борона» — прозвище, данное отцу, перешло к сыну и со временем стало фамилией.

Прозвище Борона относится к группе «профессиональных» именований, но в нём есть и возможная ироническая подоплёка. В говорах бороной могли назвать человека медлительного или, наоборот, неуступчивого, «зубастого» — по аналогии с частыми зубьями бороны. Однако в контексте крестьянского быта Восточной Европы, где земледелие было основой жизни, прямое ремесленное значение выглядит правдоподобнее.

Фамилия бытует преимущественно на юге России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её украинское происхождение. Встречаются варианты написания Бороненко и Бороненко — с ударением на второй или третий слог, что не меняет сути, но отражает местные диалектные особенности.

По сословной принадлежности носители фамилии относились к крестьянскому или казачьему сословиям. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Бороненко чаще всего записаны как «малороссияне» или «государственные крестьяне». Дворянских ветвей эта фамилия, судя по доступным родословным книгам, не образует — она осталась в среде земледельцев и ремесленников.