Фамилия Боронина — женская форма от Боронин, а та, в свою очередь, пошла от прозвища Борона. В основе лежит существительное «борона» — сельскохозяйственное орудие для рыхления почвы после вспашки. Прозвище Борона могли дать либо крестьянину, который постоянно работал с этим инструментом, либо мастеру, делавшему бороны на продажу. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Борон- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бороны). Окончание -а в женском варианте — грамматическая норма, а не смысловая деталь.

В исторических документах встречается прямое подтверждение: в словаре С. Б. Веселовского записан Борона Леонтий, крестьянин, 1615 год, Арзамас. Это один из ранних фиксаций прозвища, от которого и пошла фамилия. Арзамасский уезд в XVII веке — зона активного земледелия, так что связь с крестьянским трудом и ремеслом здесь прямая.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «боронить» в значении «защищать, оборонять». Однако в этом случае основа скорее дала бы фамилию Боронин от имени-оберега Бороня, но в прозвищной традиции форма «Борона» всё же привязана к орудию труда, а не к глаголу. Ономасты (в частности, Б. Унбегаун) относят такие фамилии к группе «профессиональных» по инструменту, а не по действию.

Фамилия Боронина — нечастая, но устойчивая, встречается в основном в центральных и поволжских регионах России, что совпадает с зоной распространения арзамасских крестьянских родов. Потомок человека с прозвищем Борона со временем получил фамилию Боронин, а его дочь или жена записывались как Боронина.