Фамилия Боронихин — яркий пример северорусской модели фамилий на -ихин, которая характерна для Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев или -ин, суффикс -ихин восходит к притяжательному прилагательному от прозвища в родительном падеже множественного числа: «чей будешь?» — «Боронихиных». Такая форма указывала на принадлежность к роду или дому, а не конкретному отцу.

Основа фамилии — прозвище Борона или Борониха. Прямое значение — сельскохозяйственное орудие для рыхления почвы. Но прозвищем человека Бороной, скорее всего, называли не по профессии (пахаря или бороновальщика), а по внешнему виду или характеру: так могли прозвать лохматого, взлохмаченного человека (волосы торчат, как зубья бороны) либо сварливого, «скребущего» — того, кто постоянно цепляется к другим. В старых новгородских и вятских документах встречаются прозвища Борона, Боронка, Борониха — все они фиксируют не ремесло, а бытовую характеристику.

Менее вероятна, но возможна версия от нецерковного имени Бороня — уменьшительной формы от Борис (через Бор-). Однако в таком случае фамилия скорее имела бы вид Борнин или Борисихин, а не Боронихин. Поэтому версия с сельскохозяйственным орудием и его переносным значением остаётся основной.

Географически фамилия Боронихин и сегодня редка, но концентрируется на Русском Севере и в Приуралье — в Кировской области, Пермском крае, Удмуртии. Именно там в XVII–XVIII веках крестьяне и посадские получали фамилии по прозвищам с суффиксом -ихин. В центральных и южных губерниях эту же основу оформили бы как Боронин (от Борона) или Боронов.

Любопытно, что фамилия совпадает по корню с фамилией знаменитого архитектора Андрея Воронихина — строителя Казанского собора в Петербурге. Но там основа другая: Воронихин — от прозвища Ворониха (от «ворона»), а Боронихин — от «борона». Разница в одной букве, а происхождение разное.