Фамилия Боронихина — редкий случай в русской ономастике, когда в основе фамилии лежит не отчество, а «матроним», то есть имя или прозвище матери. Фамилию образовали от прозвища Борониха — так называли жену человека по прозвищу Борона. Традиционно фамилии давали по отцу, поэтому «материнские» фамилии встречаются намного реже: они доставались детям, если мать была вдовой или играла в семье главную роль.

Прозвище Борона, в свою очередь, восходит к сельскохозяйственному орудию — бороне, которой разбивали комья земли после вспашки. Скорее всего, прозвище закрепилось за крестьянином, который либо постоянно работал с бороной, либо сам их изготавливал. Соответственно, Боронихой называли жену такого землепашца. Одно из первых упоминаний этого прозвища в письменных источниках относится к началу XVII века: в «Ономастиконе» академика С.Б. Веселовского записан Борона Леонтий, крестьянин, 1615 год, Арзамас.

Суффикс -их- в прозвище Борониха типичен для северных и северо-восточных русских говоров: там жену по мужу часто называли через эту форму (например, Иваниха — жена Ивана). Такие прозвища были устойчивыми и переходили детям уже как фамилия с окончанием -ин. Так и появилась фамилия Боронихина — потомок женщины, которую в деревне знали как Борониху.