Фамилия Борутенко звучит как типичная украинская фамилия, и это верное направление. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывает на происхождение от отца или предка: буквально «сын Борута» или «потомок Борута». Такие фамилии массово появились в XVI–XVII веках на землях Речи Посполитой, особенно в Поднепровье и на Левобережной Украине, и со временем вытеснили более древние патронимы на -ич.

Корень фамилии — Борут. Здесь возможны два основных объяснения. Первое: от имени или прозвища Борут, которое в свою очередь связано с глаголом «бороться» или со словом «бор» (сосновый лес). «Борут» могли прозвать крепкого, драчливого человека или же того, кто жил у бора. Второе, более конкретное: «Борут» — это вариант имени Борислав или Борус (сокращение от Борислав). В украинской традиции нередко усекали длинные имена до коротких форм: Борут, Борута.

Встречается и версия о связи с польским словом boruta — так в польской демонологии называли злого духа, черта, живущего в лесу. Однако вряд ли предку дали бы фамилию с явно отрицательным значением. Скорее, это случайное созвучие, и основное значение фамилии — «сын Борута», то есть потомок человека с таким именем или прозвищем.

География фамилии сегодня — преимущественно Украина (особенно центральные и северные области) и юг России, куда фамилия попала с миграциями казаков и крестьян в XVIII–XIX веках. В дореволюционных переписях Борутенко встречаются среди мещан и казаков Черниговской, Полтавской и Киевской губерний. Дворянского происхождения у этой фамилии нет — она типично крестьянская или казачья.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Борутенко стоит в одном ряду с Борутой, Борутским, Боруцким. Все они образованы от одной основы, но разными суффиксами, что отражает разницу в регионе или времени возникновения.