Фамилия Бошекятова — редкая и географически привязанная к Северному Кавказу, скорее всего, к осетинской среде. Её основа — мужское имя или прозвище Бошекят, которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «бош» и «екят». Первая часть, «бош», в осетинском языке означает «пустой», «голый», «бедный» или «злой» (в зависимости от контекста и диалекта). Вторая часть, «екят» или «егъат», может восходить к тюркскому «егет» — «джигит», «молодец», «удалец». Таким образом, имя Бошекят могло быть прозвищем, которое закрепилось за человеком: «пустой джигит» (в смысле бедный, неимущий) или, наоборот, «злой удалец» (с оттенком неодобрения).

Фамилия образована по осетинской модели: к основе добавился русский суффикс -ов, характерный для фамилий, которые оформлялись в XIX–XX веках при записи в метрики и переписи населения. Окончание -а указывает на женскую форму, то есть Бошекятова — это вариант для женщины или девичья фамилия. Мужской вариант — Бошекятов.

В осетинской традиции подобные составные прозвища давали не в насмешку, а как опознавательный знак: по внешности, характеру или обстоятельствам жизни. Бошекятовы, скорее всего, выходцы из Дигорского ущелья или равнинных сел Северной Осетии, где такие двухосновные имена встречаются чаще, чем в Иристоне. Фамилия не попала в массовые списки дворянских родов и не упоминается в дореволюционных справочниках — это говорит о её крестьянском или горском происхождении, без привязки к сословной элите.

Стоит отметить, что в некоторых тюркских языках, например в карачаево-балкарском, «бош» тоже означает «пустой», а «кеят» — «совет» или «намерение», что даёт альтернативную, но менее вероятную версию: «пустой совет». Однако осетинская этимология выглядит убедительнее из-за характерного суффикса -ят, который в осетинских именах и прозвищах встречается нередко (сравните с фамилией Боциев, где основа «боц» — «козёл»).