Фамилия Ботёха — редкий пример, где прозвище перешло в наследственное именование почти без изменений, минуя стандартные суффиксы -ов, -ин или -ский. В русской ономастике такие фамилии встречаются нечасто, и их называют «неоформленными» или «фамилиями-прозвищами»: человек пошел по документам не как Ботёхин или Ботёхов, а как Ботёха.

Основа фамилии — прозвище Ботёха. Его происхождение, скорее всего, глагольное. В русских говорах слово «ботать» имеет несколько значений: стучать, бить, грести веслом, а также — мутить, взбалтывать жидкость, путать. Отсюда «ботало» — колотушка, которой рыбаков загоняют рыбу в сети, или просто болтун, пустомеля. Человек с прозвищем Ботёха мог быть шумным, беспокойным, «бьющим баклуши» в прямом смысле, либо, наоборот, рыбаком, который пользовался боталом. Менее вероятна связь с диалектным «боть» — плетеный шалаш или навес для скота: в этом случае прозвище могло указывать на занятие скотоводством или строительством таких укрытий.

Суффикс -ёх(а) — характерный признак экспрессивных, часто пренебрежительных или фамильярных форм в русском языке (ср. Плох, Плоть → Плотиха; Молчун → Молчоха). Он не столько уменьшает, сколько усиливает признак: Ботёха — не просто ботающий, а тот, кто ботает сильно, постоянно или не к месту. Такие прозвища закреплялись за людьми с яркой, заметной манерой поведения.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «ботать» в значении «грести» или «мутить» было в ходу. Встречается она редко, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской среды, где прозвища давались по действию, а не по ремеслу. В церковных записях или ревизских сказках XIX века такую фамилию могли записать с «ять» на конце (Ботёха), но в современном написании она сохранила исходное звучание, не приросшее стандартным окончанием.