Фамилия Ботиенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «маленький» или «сын», то есть Ботиенко — это буквально «сын (или потомок) Ботя». Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Ботя, которое могло образоваться от нескольких корней.

Наиболее вероятная версия связывает Ботю с глаголом «ботать» — в русских и украинских говорах это слово имело значение «стучать, колотить», а также «говорить быстро, тараторить» или «путать, сбивать с толку». Прозвище Ботя могли дать человеку шумному, суетливому или, наоборот, тому, кто работал с боталом — колотушкой, которой рыбаки пугали рыбу, загоняя её в сети. В этом случае предок мог быть рыбаком или просто обладателем громкого голоса.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «бот» (лодка, челн) или с тюркским «бот» (верблюжонок), но в украинском контексте это звучит менее убедительно. Также существует гипотеза, что Ботя — это сокращение от крестильного имени Богдан или Борис, но уменьшительные формы от этих имён обычно другие (Богданко, Бориско).

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывают на принадлежность помещику или отцу, фамилии на -енко исторически были распространены среди казачества и крестьянства Левобережной и Слободской Украины. Географически Ботиенко — фамилия с ярко выраженным украинским ареалом, чаще всего встречается в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. В России она редка и обычно указывает на украинские корни рода.

Таким образом, Ботиенко — фамилия, которая говорит о происхождении её носителей из украинской среды, где прозвище предка закрепилось через типичную патронимическую модель. Разобрать её точное значение без знания конкретных обстоятельств прозвища сложно, но «шумный, деятельный человек» или «рыбак» — наиболее правдоподобные версии.