Фамилия Ботино — редкий пример, где суффикс, а не корень, сразу рассказывает о происхождении. Окончание -о в русских фамилиях — верный признак украинского или белорусского корня. Так оформляли фамилии в западных и южных землях Российской империи, особенно на Левобережной Украине и в Беларуси: вместо «Ботин» или «Ботинов» говорили «Ботино». То есть перед нами не склоняемая форма, а застывшее окончание, типичное для фамилий-прозвищ.

Основа фамилии — «бот» или «бота». В русских говорах «бота» — это палка, багор, которым рыбаки загоняют рыбу в сеть, или же длинный шест для управления плотом. Человек, который пользовался такой снастью — «ботал» рыбу — мог получить прозвище Бота, а его сын или потомок — фамилию Ботино. В этом случае фамилия профессиональная: предок был рыбаком или сплавщиком леса.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «ботать» означало «болтать, говорить вздор», а «ботало» — пустомеля. Прозвище Бота могли дать говорливому или несерьёзному человеку. Однако такая гипотеза слабее: фамилии от глаголов с оттенком «болтовни» встречаются реже, чем от названий орудий труда.

Фамилия Ботино не имеет отношения к обуви. «Ботинок» — слово позднее, заимствованное в XVIII веке из французского, и фамилии от него образовывались бы с суффиксом -ов: Ботинков. Здесь же корень «бот» — исконный, славянский.

Если сравнить с однокоренными фамилиями — Ботов, Боталов, Ботанов — Ботино выделяется именно суффиксом. Встречается она в основном на Украине и в южных областях России, но точных статистических данных по распространению нет. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или казачьей: рыболовство и сплав леса — занятия простых людей.