Фамилия Ботошанский — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа не славянская, а географическая, и ведёт она к городу Ботошани на северо-востоке Румынии, в исторической области Молдова. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из этого города или его окрестностей. Формант -ский указывает на типичную модель образования фамилий от названий мест: он отвечает на вопрос «откуда родом?» или «чей?» (сравните: Ясский, Кишинёвский, Варшавский).

Корень «Ботошан-» — это румынский топоним Botoșani. Происхождение названия города не до конца ясно, но самая распространённая версия связывает его с именем боярского рода Ботош, владевшего этими землями в XV веке. В таком случае фамилия Ботошанский — это не просто «житель Ботошан», а «происходящий оттуда», что было особенно актуально для еврейского населения, массово мигрировавшего из Молдовы в пределы Российской империи в XIX — начале XX века. Именно в еврейской среде фамилии на -ский от названий румынских и бессарабских городов встречаются особенно часто.

С точки зрения словообразования, суффикс -ан- (или -ян-) в основе выполняет роль посредника: от названия города «Ботошани» сначала образовалось прилагательное «ботошанский» (житель Ботошан), а затем оно закрепилось как фамилия. Это отличает её, скажем, от фамилии Ботошевский, где суффикс -ев- мог бы указывать на владельческий характер.

Социальный контекст фамилии прозрачен: её носители — это, как правило, люди из мещанского или купеческого сословия, ремесленники, торговцы, которые покинули родной город в поисках лучшей доли. Фамилия не дворянская и не крестьянская — она «городская» и «географическая». Встречаются и варианты написания: Ботошанский с одной «н» — это норма, так как в основе уже есть «н» (Ботошани), и удвоение было бы избыточным.

Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Ботошан, Ботошанов) показывает, что Ботошанский — самая «прозрачная» форма, прямо указывающая на происхождение. В дореволюционных документах фамилию могли записать и как Ботошанскiй, а в советских паспортах — Ботошанский. Сегодня она встречается крайне редко, в основном у потомков тех, кто в своё время уехал из Бессарабии или Румынии.