Фамилия Ботошану — редкий для России пример фамилии румынского (молдавского) происхождения. Она образована по типичной для восточно-романских языков модели: к названию города или местности добавляется суффикс -ану (-anu), который указывает на выходца оттуда. Таким образом, Ботошану — это «тот, кто из Ботошань».

Ботошани (Botoșani) — город на северо-востоке Румынии, исторический центр Молдавского княжества. Фамилия, скорее всего, закрепилась за человеком, который переселился из этого города в другую местность — например, на территорию Бессарабии (современная Молдова и Одесская область Украины) или в южные губернии Российской империи. В XIX веке, после присоединения Бессарабии к России, многие молдавские крестьяне и мещане получали фамилии по месту прежнего жительства, и Ботошану — типичный случай такой «топонимической» фамилии.

С точки зрения словообразования, суффикс -ану выполняет ту же роль, что и русские суффиксы -ский/-ской (Ботшанский) или украинский -енко (Ботошаненко), но в румынском он продуктивнее и чаще встречается именно в фамилиях. В Молдавии и Румынии фамилия Ботошану довольно распространена, но в России она встречается в основном у потомков молдавских переселенцев, часто с русифицированным окончанием (иногда пишется как Ботошан, без конечного -у, по аналогии с русскими фамилиями).

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Ботошану́, что характерно для румынских фамилий. В русском языке допустим и вариант с ударением на второй слог — Ботоша́ну, но первый вариант этимологически верен. Других версий происхождения (от прозвища, профессии или имени) для этой фамилии нет: она прозрачно восходит к названию города и не требует сложных этимологических реконструкций.