Фамилия Ботяева — женская форма от Ботяев, и её разумнее разбирать через мужской вариант. Основа здесь неочевидна, и сразу возникает вопрос: что за корень «Бот-»? Самый прямой путь — прозвище Бо́тя, которое в русских говорах имело несколько значений. В вятских и пермских диалектах «ботя» — это увалень, мешковатый человек, тот, кто ходит вразвалку. В других областях так могли называть медлительного или нерасторопного парня. Суффикс -я характерен для прозвищно-именной модели: от него образованы фамилии Ботин, Ботнев, Боткин, но Ботяев стоит особняком.

Фамилия образована по схеме «прозвище на -я + патронимический суффикс -ев». Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы увидели -ов, но здесь мягкий звук даёт -ев. То есть Ботяев буквально значит «сын Боти». Такая модель встречается реже, чем стандартная на -ов, и указывает на то, что фамилия могла сложиться не в центральных областях России, а на северо-востоке или в Поволжье, где прозвищные формы на -я держались дольше.

Есть и менее очевидная версия — от имени Бо́т (Боттий), редкого канонического имени, которое встречается в святцах. В этом случае Ботя — уменьшительная форма, а Ботяев — отчество, превратившееся в фамилию. Правдоподобность этой версии ниже: имя Боттий было крайне редким и не дало массового следа в русской ономастике, в отличие от живого прозвища.

Географически фамилия Ботяевы тяготеет к Уралу и Западной Сибири. В переписях XIX века она фиксируется в Пермской губернии, особенно в Оханском и Осинском уездах, а также среди крестьян, переселившихся в Тобольскую губернию. Это подкрепляет версию с диалектным прозвищем: носители фамилии — потомки государственных или заводских крестьян, а не дворянства. Сословная принадлежность в данном случае не домысел, а подтверждённый архивными записями факт.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает интересную деталь: Ботин встречается чаще, Ботнев — реже, а Ботяев — самая редкая из этой группы. Это не случайно: суффикс -ев при прозвище на -я — архаичная модель, которая почти не дала новых фамилий после XVII века. Значит, Ботяевы — одна из старых крестьянских фамилий, закрепившаяся ещё в допетровское время.