По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «бот» - «одномачтовое, обычно плоскодонное судно, речное или приморское, для перевозки груза». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог быть судостроителем или моряком. Возможно также, что основой для прозвища послужило слово «боты» - «боты» - «высокие калоши», «ботинки». В таком случае Ботей могли именовать сапожника. Согласно еще одной версии, прозвище Ботя происходит от существительного «ботало» - «шест с дощечкою или с деревянным стаканом на конце для того, чтобы загонять рыбу со дна в сети», «деревянный звонок, или род глухого колокольчика из железного или медного листа, который висел на шее всякого скота». Соответственно, прозвище Ботя либо носил рыбак, либо скотовод, либо пастух.