Фамилия Ботя — редкий пример, где за короткой основой стоит сразу несколько вполне конкретных профессий, и выбрать главную почти невозможно. Словообразовательная модель проста: фамилия образована от прозвища Ботя без дополнительных суффиксов (характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции). Основа перешла в фамилию в неизменном виде, что указывает на её относительно позднее закрепление или на то, что прозвище было настолько устойчивым, что не потребовало патронимического оформления.

Самая прямая версия связывает прозвище с нарицательным «бот» — одномачтовым плоскодонным судном для перевозки грузов. Тогда Ботя — это судостроитель или моряк, человек, чья жизнь была связана с речным или приморским промыслом. Версия логичная, но не единственная.

Не менее убедительно выглядит связь со словом «боты» — высокими калошами или ботинками. Здесь прозвище мог получить сапожник, и это одна из тех редких фамилий, где ремесло «обувщика» зафиксировано не через стандартные суффиксы (-ник, -арь), а через сокращение по названию продукта.

Третья версия отсылает к «боталу» — шесту с дощечкой или деревянным стаканом на конце, которым загоняли рыбу со дна в сети, а также к деревянному звонку на шее скота. В этом случае Ботя — либо рыбак, либо пастух или скотовод. Эта гипотеза менее очевидна, но имеет право на существование, особенно в говорах, где «ботать» означало производить шум, гнать.

Географически фамилия Ботя встречается редко и фрагментарно, преимущественно в западных и южных регионах бывшей Российской империи, что косвенно подтверждает её происхождение из среды ремесленников или крестьян, чьи прозвища фиксировались без изменений. В дореволюционных источниках фамилия почти не прослеживается, что говорит о её локальном бытовании.

Известных носителей с этой фамилией в широкой истории нет — перед нами типичная «фамилия одного рода», где ценность не в громких именах, а в том, что за коротким прозвищем стоит целый веер занятий: от постройки лодок до шитья обуви и пастушьего дела.