Фамилия Ботякова — женская форма от Ботяков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Ботяк. В русской ономастике суффикс -як (как в словах «рыбак», «простак») часто указывал на человека по характерному действию или свойству. Соответственно, Ботяк — это человек, которого прозвали по глаголу «ботать».

Что значит «ботать»? В русских говорах у этого слова несколько значений. Самое распространённое — «бить, колотить», особенно по воде. Отсюда «ботало» — шест с конусом или дощечкой, которым рыбаки бьют по воде, загоняя рыбу в сети. Человек, который этим занимался, мог получить прозвище Ботяк — «тот, кто ботает», то есть загонщик рыбы. Это занятие было распространено на севере и северо-востоке России, в Поморье и на Волге. Вторая версия, менее вероятная, но тоже возможная: «ботать» означало «болтать, говорить вздор». В таком случае Ботяк — прозвище говорливого или пустомели.

Есть и редкая, но интересная версия, связывающая фамилию с топонимом. В Смоленской области существует деревня Ботяково, а в Кировской — Ботяки. Не исключено, что предок Ботяковых получил фамилию по названию места, откуда был родом. Однако для фамилий, оканчивающихся на -ов/-ев, более типично происхождение от личного прозвища, а не от географического названия.

В любом случае, в основе фамилии лежит прозвище, данное по действию или черте характера. Суффикс -ов (в женском роде -ова) — стандартный русский патронимический формант, означающий «сын Ботяка» или «из семьи Ботяка». Фамилия не относится к числу дворянских или княжеских, а является типичной крестьянской или мещанской, возникшей в XVI–XVII веках, когда у простых людей начали массово появляться фамилии. Сейчас Ботяковы встречаются по всей России, но чаще — в Центральной России, Поволжье и на Урале.