Фамилия Ботягина — женская форма фамилии Ботягин, и её происхождение стоит искать не в громких событиях, а в повседневной жизни, в метком прозвище или названии ремесла. В основе фамилии лежит слово «ботяга», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное — «ботягой» называли человека, который ходит по дворам, попрошайничает или же просто ведет бродячий образ жизни. Слово это образовано от глагола «ботать» — стучать, колотить, а в переносном смысле — «болтаться без дела», «слоняться». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за непоседливость или за привычку ходить по чужим домам.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «бот» (лодка, челн). В этом случае «ботяга» — человек, управляющий ботом, лодочник или рыбак. Для северных регионов России, где был развит речной промысел, такое прозвище было бы естественным. Однако эта версия уступает первой по частоте: фамилии от названий лодок встречаются реже, чем от прозвищ, описывающих поведение.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Ботягин — сын Ботяги, то есть потомок человека с прозвищем Ботяга. Модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Фамилия не является редкой, но и не распространена повсеместно: основная масса носителей сосредоточена в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает обе версии — и «бродяжью», и «лодочную». В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) эта фамилия не разбирается отдельно, но её однокоренные аналоги (Ботяев, Ботвин) указывают на диалектную основу.

Интересно, что фамилия Ботягин могла возникнуть и как вариант фамилии Ботвин (от названия растения «ботва»), но это менее вероятно из-за разницы в суффиксах и звучании. Скорее всего, перед нами пример того, как живое разговорное слово — меткое, порой нелицеприятное — закрепилось за родом и стало его официальным именем.