Фамилия Ботыгин хранит память о событиях, развернувшихся на русских равнинах несколько столетий назад. Её корни уходят в XV–XVII века, в эпоху, когда выходцы из Золотой Орды, печенеги и половцы, оседали на русских землях, смешиваясь с местным населением. Именно к этому времени относят появление родоначальника, носившего имя или прозвище Ботыга.

Самая вероятная версия связывает основу фамилии с адаптированным русским именем Батый. В монгольском языке, по мнению лингвиста Н.А. Баскакова, слово «бата» означало «крепкий, здоровый, надежный». Однако в русском языке имя грозного хана приобрело совсем другой оттенок, став нарицательным для обозначения злого разорителя. Поэтому Ботыгой могли прозвать человека властного, деспотичного, привыкшего подчинять других своей воле. Менее распространённый, но возможный перевод имени — «драгоценный камень».

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Ботыгин — «сын Ботыги» или «человек из рода Ботыги». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших из прозвищ и нецерковных имён.

Хотя в основе фамилии лежит восточное имя, её бытование в России подтверждает давние и сложные связи между культурами. Многие дворянские роды вели свою родословную от выходцев с Востока, и фамилия Ботыгин — один из таких памятников, где за русским окончанием скрывается степное прошлое.