Фамилия Боуфалова — русифицированная форма польской фамилии Боуфал. Её основа, скорее всего, восходит к старинному славянскому имени Богухвал, что буквально означает «хвалящий Бога». Такое имя в древности нередко давали долгожданному ребёнку, вкладывая в него благодарность и надежду. Имя Богуфал (один из вариантов этого имени) носил познанский епископ, живший в XIII веке и известный как автор хроники о походах польских князей. В истории Польши известен дворянский род Боуфал (писался также как Бауфал, Бауффал) герба Лис.

Сама фамилия Боуфалова образована по типичной русской модели: к основе Боуфал добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Окончание -а выдает женскую форму, то есть исходная мужская фамилия — Боуфалов. Такая адаптация характерна для фамилий выходцев из Польши или Западной Руси, которые после переселения в центральные русские земли «обрусевали» грамматически.

Встречающиеся варианты написания (Бауфал, Бауффал) дают повод для альтернативной версии: немецкого происхождения. Возможна связь с немецким Bau («стройка») и fallen («падать»), что могло бы указывать на профессию или прозвище, связанное со строительством. Однако эта гипотеза слабее, так как именно форма Боуфал является исходной и уверенно соотносится со славянским именем. Остальные написания — результат поздних фонетических изменений или случайных ошибок в документах.