Фамилия Боватов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа неочевидна, и этимологу приходится выбирать между несколькими версиями.

Самый прямой путь — разобрать суффикс и окончание. Перед нами типичная отчество-патронимическая модель на -ов. Она указывает, что в основе лежит личное имя или прозвище родоначальника — Боват. Вопрос в том, что значило это слово.

Первый, наиболее вероятный вариант: основа восходит к древнерусскому нецерковному имени Бова или Бовой. В старину такие имена давали по внешним признакам или поведению. Слово «бова» в русских говорах могло означать «крикливый», «громогласный» человек или, напротив, «неповоротливый», «вялый» (сравните с диалектным «бова́ть» — медлить, мешкать). Суффикс -ат в именах и прозвищах характерен для русского Севера и северо-запада (сравните: борода — Бородат, губа — Губат). Таким образом, Боват — это человек с ярко выраженным качеством: крикливый, неуклюжий или медлительный. Фамилия Боватов, следовательно, означает «сын Бовата».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово «бува» или «бова» — «отец», «предок», «старейшина». В этом случае прозвище Боват могло получить уважаемый глава рода, а фамилия указывала бы на его потомков. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ат для тюркских заимствований в русской среде нехарактерен, и фамилия скорее имела бы форму Боваев или Буваев, чем Боватов.

Географически фамилия привязана к центральным и северным областям России. Встречается она редко, что подтверждает её прозвищное, а не массовое происхождение. Носители фамилии Боватов, скорее всего, ведут свой род от одного конкретного человека, которого в XVI–XVII веках прозвали Боватом за его характер или манеру поведения, и это прозвище закрепилось за его детьми как фамилия.