Фамилия Бовдуй — один из тех случаев, когда прозвище предка стало родовым именем, сохранив свою прямую, хоть и нелестную, характеристику. В основе лежит украинское слово «бовдуй», которое в переводе означает «балбес», «недотепа» или «дурень». Это так называемое «обережное» или ироничное именование: на самом деле так могли прозвать не столько глупого, сколько несообразительного, медлительного человека, лентяя или легкомысленного прожигателя жизни. В народной среде такие прозвища не всегда воспринимались как оскорбление — часто они закреплялись за конкретным человеком из-за какой-то одной заметной черты или случая.

Фамилия образована без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что характерно для украинской ономастической традиции. Она представляет собой «застывшее» прозвище в чистом виде. В украинском языке слово «бовдуй» имеет и другое, более конкретное значение — «пустой, полый предмет» (например, пустая тыква), что тоже могло послужить основой для прозвища болтуна или пустого человека. Таким образом, фамилия напрямую отсылает к характеру или поведению своего первого носителя.

Географически фамилия Бовдуй тяготеет к западноукраинским и южнорусским регионам, где было сильно украинское влияние. Встречается она нечасто, что делает её редкой и колоритной. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён или профессий, Бовдуй — яркий пример «мирского» прозвища, которое давали в быту и которое со временем закрепилось за потомками.