Фамилия Бовкуш звучит редко и не сразу даёт понять, от какого слова образована. Корень здесь — «бовк-», который ведёт к украинскому глаголу «бовкати». У этого глагола два значения: «звонить» и «говорить не подумав, наугад». Поэтому прозвище Бовкуш могло указывать либо на профессию — звонаря, который бил в колокола, либо на манеру речи — человека торопливого, болтливого или не слишком осмотрительного в словах.

Есть и более конкретная версия, связанная с орудием труда. Украинское слово «бовкало» означает колотушку — приспособление, которым стучали, подавая сигнал или отбивая ритм. Если прозвище пошло от этого слова, то род занятий предка — плотник или ремесленник, делавший деревянную утварь и ударные инструменты.

Третья гипотеза отсылает к хозяйству. В диалектах встречается слово «бовкун» — так называли вола, запряжённого в одиночку, без пары. Прозвище Бовкуш в этом случае могло закрепиться за человеком, который держал волов, разводил их или работал с ними в поле. Такая версия объясняет и суффикс «-уш»: он нередко встречается в украинских фамилиях, образованных от названий животных или их признаков.

Фамилия Бовкуш — преимущественно украинская по происхождению. Её носители встречаются в центральных и западных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на юге России. Суффикса -ов или -ин в основе нет, поэтому фамилия закрепилась в форме чистого прозвища, без дополнительного патронимического оформления. Это характерно для украинской ономастики, где фамилии на -уш, -ук, -енко нередко сохраняют исходное прозвище почти без изменений.