Фамилия Бовкун — редкий случай в русском ономастиконе, где прозвище образовано от названия вола, запряженного в одиночку. В старину такую упряжь называли бовкуном: если пахарь работал с одним волом вместо пары, животное получало эту кличку. Отсюда пошло и прозвище человека.

Корень здесь не славянский, а тюркский: слово «бов» или «був» означало «бык», «вол». Украинский суффикс -ун (как в словах «говорун», «скакун») указывает на деятеля или носителя признака. Таким образом, Бовкун — тот, кто подобен одинокому волу.

Прозвище могли дать по разным причинам. Первая версия — социальная: человек жил один, без семьи и поддержки, сам тащил всю работу. Вторая — бытовая: так называли молчаливого, мрачного и нелюдимого мужчину, бирюка, который сторонился людей. Третья, менее распространённая, — прозвище могло закрепиться за самим крестьянином, который пахал на одном воле, что в те времена считалось признаком бедности.

Фамилия Бовкун бытует преимущественно на Украине и в южных регионах России. Встречается также в Беларуси. По модели образования она относится к типу «бессуффиксных» фамилий на -ун, характерных для украинской ономастики (сравните: Скакун, Стригун, Брехун). В русском языке такая форма нетипична, поэтому фамилия сохраняет яркий региональный колорит.

Сословной привязки нет: Бовкунами могли стать и казаки, и крестьяне, и мещане. Фамилия не дворянская, но и не редкая — её носители встречаются в исторических документах XIX века по Полтавской и Черниговской губерниям.

В написании фамилия устойчива, вариантов вроде «Бофкун» или «Бовкунь» не зафиксировано. Ударение падает на второй слог — Бовку́н, что соответствует украинской произносительной норме.